中国科学院北京分院是中国科学院的派出组织，于2005年3月1日建立，与京区党委选用一个组织，两块牌子的方式合署作业，担任联络和办理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所作业。

  中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出组织，担任联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。

  沈阳分院体系现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳使用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物动力与进程研究所、烟台海岸带研究所。

  中国科学院长春分院是中国科学院的派出组织，担任联络和协调中国科学院在吉林省和黑龙江省的研究所作业。1978年5月，经中心同意康复建立中国科学院长春分院。

  上海分院是中国科学院的派出组织，担任联络和办理中国科学院在上海、浙江、福建区域的研究院所作业。上海分院体系有13个国家要点实验室、39个中科院要点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技能搬运中心、中科院上海交叉学科研究中心。